第二类应当提交专项法律意见书的情形：根据《关于加强私募基金信息报送自律管理与优化行业服务的通知》（中基协字〔2021〕107号，下称“107号文”），因信息报送问题被列入异常机构名单，且超过12个月仍未完成整改。

依据107号文规定，自2021年第二季度起，协会参照《私募基金信息报送常见问题示例说明》，对管理人疑似存在错报、漏报信息的行为开展常态化核查。协会将通过AMBERS系统站内信及管理人登记邮箱等方式发送信息核查通知，管理人应在收到通知后3个工作日内完成核查要求。逾期未完成的，将被列为信息报送异常机构并在协会官网公示。

自律管理措施：
被列入异常机构的管理人在补报历年未报送的年度财务报告时，需同时上传由经中国证监会备案的会计师事务所出具的鉴证意见函。

根据后续自律规则，此类情形设置3个月整改过渡期，如管理人未在限期内完成整改，协会将要求其提交专项法律意见书。

情形解析：
此类异常主要涉及AMBERS系统中的信息报送问题。协会未直接要求出具专项法律意见书，而是给予管理人整改机会。整改期间需补报财务信息，并附具符合协会模板要求的鉴证意见函。这也是协会首次明确要求会计师事务所具备证监会备案资质。

根据协会提供的模板，鉴证意见需明确说明：会计师事务所未发现管理人所填报的年度财务信息，与其在审计过程中取得的会计资料及已审计财务报表存在重大不一致。